在菇类工厂化生产中，许多企业几乎无一例外地采用空气过滤器来净化接种室、发菌室以至培养室等的空间，同时藉此注入新鲜空气。但又几乎无一例外地反映空气过滤器在使用一段时间后效果明显降低，尤其是单纯利用空气过滤器作为唯一手段来净化接种室时，污染率大幅提高。必须指出，在接种室中单纯用空气过滤器是不可取的。
众所周知，在我们生活、生产的环境中，不可避免的存在许多尘埃，而这些尘埃正是空气中细菌和微生物的载体，它们附着在尘埃上随风飘拂。空气过滤器的作用就是将那些附着或没有附着细菌和微生物的尘埃通过不同孔径的过滤网加以滤除，从而减少或避免对有限空间的污染。一个完整或完全的空气过滤系统通常要有三层过滤网，根据网大小的不同分为初效、中效、高效过滤器。其中高效过滤器根据对尘埃的过滤率不同又分为：
A级：尘埃的过滤率99.999%；B级：尘埃过滤率99.99%；C级：尘埃过滤率99.97%。滤除的尘埃颗粒最小为0.3 μm。若有小于0.3 μm的尘埃仍能通过高效过滤网。
按行业的规定，百级的洁净级通常定义为：在28.33L条件下，≤0.5 μm尘埃不超过100个。
空气过滤器固然在相当程度上可以滤除附着细菌的尘埃，但仅仅（不能百分之百）是将尘埃阻挡在滤网一侧（俗称滤除）而已，它并不能有效杀灭阻挡在网上的细菌，而且过滤的尘埃颗粒不得小于0.3 μm。所以，在实际使用时难免还会有尘埃或细菌通过过滤网，并且随着过滤网上堆积的尘埃不断增加，通过过滤网的尘埃（细菌和微生物）也将随之增加。因此，通常生产过滤网的厂家对三级过滤网的使用期限（寿命）有严格的规定（每天以24 h计）：
初效过滤器：累计使用15 d后必须更换；中效过滤器：累计使用3~6个月后必须更换；高效过滤器：累计使用1年左右必须更换，但如时内3年累计使用时间即使没有超过1年也必须更换。
基于上述时间规定，要求使用单位在每次使用后必须记录工作时间，严格按时更换，否则会带来不良后果。广东有一菌菇业公司，由于没有按规定的时间要求更换过滤器，致使接种成功率降低到接近80%，无奈之下在接种室里只好同时又采用臭氧消毒。
此外，采用空气过滤器时还应当注意以下事项：①在开启空气过滤设备后须经初效、中效、高效过滤自净0.5 h后，空气的洁净度方可达到百级；②有分支风道时，总进风口经初效、中效过滤后，到各分支风道时需要再经高效过滤才能达到百级；③在盛夏、严冬使用空调机时，进入到室内的冷气或暖气须经净化过滤，因为空调机在工作时有三分之一空气是取自室外。④地板应有回风风道。
基于以上所述，工厂化生产菌菇的企业要有选择性、恰当地选用空气过滤器。实践证明：尤其对接种室等灭菌要求高的地方，空气过滤器只能作为一种辅助手段，净化空间主要利用消毒的方法来达到。
